Бернар Куртуа родился в 1777 году в Дижоне, столице провинции Бургундия, Франция. Формального школьного образования не получил. Его отец Жан-Батист Куртуа происходил из семьи местных сапожников, а мать Мари Блэ была дочерью крестьянина. Когда они заключили брак в 1771 году, Жан-Батист был камердинером 82-летнего Бушена де Грандмона, первого президента Дижонской торговой палаты и владельца городской гостиницы. После того, как их первый сын умер в 1772 году, у Мари и Жана-Батиста появились 6 детей: дочь Катерина, сыновья Пьер, Бернар, Жан-Батист, затем в 1780 г. близнецы Анне-Мари и Пьер. Жан-Батист-старший после смерти Грандмона в 1772 г. стал торговать вином, а когда гостиницу продали Дижонской Академии наук, и там открылась химическая лаборатория, он в 1775 г. устроился туда лаборантом.

В январе 1776 г. отец Бернара стал демонстратором Гитона де Морво. Три года спустя Жан-Батист снял жилье в здании Академии, где семья прожила следующие 10 лет. Лаборатория, необходимая для практических научных демонстраций, служила маленькой аптечной лавкой с 1778 г., управляемой Жаном-Батистом, которого в кругу семьи даже звали фармацевт Академии .

Французское руководство в то время искало пути увеличения производства селитры, необходимой для изготовления пороха. В Дижоне, благодаря сотрудничеству Гитона и бургундского поставщика пороха Шампи, в 1778 году началась работа по строительству экспериментального завода по производству искусственной селитры. Когда завод открылся в 1780 г., его назвали в честь Святого Медарда, и Жан-Батист Куртуа стал его управляющим по рекомендации Гитона. Однако он сохранил свою должность в химической лаборатории, и семья жила в Академии. В 1788 г. Жан-Батист и его жена купили завод по производству селитры им. Святого Медарда у Гитона и Шампи. На следующий год, когда Бернару исполнилось 12 лет, они переехали, покинув свою квартиру в Академии 31 октября. Бернар со своим старшим братом Пьером начал изучать селитряное производство и помогать своему отцу. В 1793 г. закрыли Дижонскую Академию, а Жана-Батиста уволили из лаборатории. Тогда он сконцентрировался на селитряном производстве и позднее заработал на покупке некоторых национальных земель, которая стала возможной по новому законодательству.

Бернар жил на заводе им. Святого Медарда до 18 лет. Около 1795 г. он уехал из дома, чтобы начать обучение в городе Оксерр в 80 милях от Дижона под руководством Фреми (его внук - выдающийся химик Эдмунд Фреми). Бернар провел три года в аптеке у Фреми и стал интересоваться практической химией. Около 1798 г. его пригласили занять должность в химической лаборатории Антуана Франсуа де Фуркруа в Политехнической Школе в Париже. Это произошло благодаря поддержке его крестного отца Барнарда Маре, парижского дипломата.